Los orígenes de la ANFEI datan del año 1958, cuando un reconocido académico en el ambiente de la ingeniería: Don Javier Barros Sierra, en ese entonces Director de la Facultad de Ingeniería de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), convoca a la I Conferencia Nacional de Ingeniería, con el fin de intercambiar información, ideas e inquietudes para la difusión y mejoramiento de la enseñanza académica de la ingeniería, ésta se realizó en la Ciudad de Monterrey, Nuevo León.

En 1960 se lleva a cabo la II Conferencia Nacional de Ingeniería en la Ciudad y Puerto de Veracruz, Veracruz, bajo la dirección del Ing. Antonio Dovalí Jaime.

En1962, la III Conferencia se celebró en la Ciudad de San Luis Potosí, S.L.P. bajo la conducción del Ing. Rodolfo Félix Valdez.

En 1964, importante año para la Asociación, se realiza la IV Conferencia en la Ciudad de Chihuahua, Chihuahua; organizada inicialmente por el Ing. Avilés Serna, pero a su lamentable fallecimiento, los trabajos finalmente fueron concluidos por el Ing. Dovalí Jaime. En esta histórica Conferencia se formaliza la creación de la Asociación Nacional de Facultades y Escuelas de Ingeniería, la ANFEI, así como el establecimiento de sus Estatutos, el primer Comité Ejecutivo estuvo presidido por el Ing. José Emilio Amores.

Es a partir de la XI Conferencia Nacional de Ingeniería organizada por la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica del Instituto Politécnico Nacional (ESIME-IPN), en la Ciudad de México en 1984, cuando se estableció que la periodicidad de las reuniones sería anual.

De 1984 a la fecha, la Conferencia se ha efectuado interrumpidamente, en ciudades del norte, centro y sur del país, procurando tomar en consideración los “planes de educación” que señala el Gobierno de la República.